在这个时代，关东、成都、神奥、合众、卡洛斯五大地区的初阶版图也逐渐形成。

然而，人类文明的发展似乎总是伴随着无尽的欲望。随着人类文明的鼎盛发展，他们竟将贪婪的黑手伸向了一级神。令人震惊的是，他们对一级神的捕捉成功率竟达到了百分之五十，远远超过了当初超古代的百分之二十。这种肆无忌惮的行为再次引起了阿尔宙斯的强烈不满，导致了它的第四次审判。

四千万年后，阿尔宙斯再次施展创世神力，近古时代自此开启。这一次，固拉多与盖欧卡之间爆发了一场惊天动地的大战，它们的力量相互碰撞，创造出了许许多多的岛屿。后来，这些岛屿被雷吉奇卡斯拼凑在一起，形成了之后的芳缘大陆。而在这场大战之后，盖欧卡与固拉多的力量被剥夺，化为了红蓝宝珠，反哺芳缘。

三千年前，合众地区陷入了连绵不断的战乱之中，战争的硝烟弥漫在每一寸土地上，导致反转世界遭受了严重的污染。骑拉帝纳企图通过艾茵多奥克的青铜门降临合众地区，然而，它的计划被最强龙神成功拦截。双方实力旗鼓相当，展开了一场激烈的战斗。

在战斗的关键时刻，骑拉帝纳利用负面能量化为诅咒，将最强龙神一分为三，使其化身为雷希拉姆、捷克罗姆以及酋雷姆。酋雷姆则用自己剩余的力量化身龙脉，强行镇压了骑拉帝纳出现的青铜门，让它永远无法进入合众地区。在这场战斗中，骑拉帝纳的白金玉魂也丢失在了合众地区。

此后，合众地区流传起了龙神的传说，进入了充满神秘色彩的龙神时代。在这个时代，最出名的当属两位王子，他们分别驾驭着代表真实和理想的两位龙神，为了争夺王位，代表人类与神奇宝贝展开了激烈的角逐。

一千年前，一颗巨大的陨石向着地球呼啸而来，试图毁灭这片世界。阿尔宙斯挺身而出，全力阻挡陨石的降临。在这场艰难的战斗中，阿尔宙斯付出了巨大的代价，祂原本身上拥有的十八块生命之源的石板，在战斗中全部散落。后来，阿尔宙斯被达莫斯所救，为了感谢达莫斯的救命之恩，阿尔宙斯赋予他生命之珠，让米季那地区充满了生机与活力。

五百年前，关东帝国皇族的一脉前往合众地区。在机缘巧合之下，他们成功驾驭了真实龙神，获得了合众皇室的信任，并被赠予王位。

三百年前，关东和成都两大帝国之间的矛盾日益激化，最终爆发了激烈的冲突。关东帝国的大军如潮水般杀向圆朱市，一路上烧杀抢掠，生灵涂炭。在这场灾难中，铃铛塔也未能幸免，一场大火无情地烧毁了这座古老的建筑，三只小精灵不幸葬身火海。栖息在铃铛塔的双神之一的洛奇亚，无奈之下前往漩涡列岛。

凤王得知此事后，震怒不已，它施展神圣火焰，焚烧了关东帝军，为死去的小精灵报仇雪恨。同时，凤王也将那三只小精灵复活，它们就是之后的三圣兽。经此一役，凤王对人类彻底失望，它决定离开这片土地。

在离开之前，凤王命三圣兽作为人类的监视者，并承诺当它们承认人类与小精灵能够和平共处的时候，自己就会再度降临。

之后，两大帝国在白银山脉展开了一场规模空前的决战。双方投入了三十万大军，然而，这场残酷的战争最终以悲剧收场，双方的军队被白银山脉的野生精灵屠戮殆尽。

战后，关都两大帝国迫于各方压力，终于放下了成见，联合各个公国，成立了关都联盟。关东帝国的君王伊藤德暂代理事长。伊藤家族的大部分部人员扎根在关东和成都，合众一脉则依旧驻扎在合众地区，继续守护着家族的荣耀与使命。